急性肾炎为自限性疾病，大多预后良好，常可在数月内临床自愈；也有少数急性肾炎患者迁延不愈而转变为慢性肾炎；极个别的急性肾炎患者因病情严重及治疗失当等原因出现急性肾衰竭或并发其他严重病症而死亡。
绝大多数急性肾炎患者于2~4周出现利尿、消肿、降压，尿检验也常随之好转，血清C3在8周内恢复正常，病理检查亦大部分恢复正常或仅遗留系膜细胞增生，但少量镜下血尿及微量尿蛋白有时可迁延半年至一年才消失，仅有1%的患者可因急性肾衰竭救治不当而死亡，且多为高龄患者。
注：血清C3也叫血清补体C3，约70%—80%的急性肾小球肾炎、狼疮性肾炎患者血清C3含量减少，病情缓解后可恢复正常，所以C3这个物质的测定不仅有助于诊断，还可以观察疗效和监测预后。C3降低还可见于自身免疫性疾病、新生儿呼吸窘迫综合征、菌血症、组织损害和慢性肝炎。
急性肾炎的多数病例远期预后良好，可完全治愈。6%~18%的病例遗留尿异常和（或）高血压而转为“慢性”，或于“临床治愈”多年后又出现肾小球肾炎表现。一般认为老年患者，有持续性高血压、大量蛋白尿或肾功能损害者，预后可能较差；散发者较流行者预后可能差；肾组织增生病变重，伴有较多新月体形成者预后差。
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